Im Gegensatz dazu stellt man die Diagnose „idiopathische Epilepsie“ aufgrund einer typischen Krankheitsgeschichte (erster Anfall meist bei jungen, erwachsenen Hunden, die zwischen den Anfällen komplett normal sind; evtl. Verwandte mit gleicher Symptomatik) und einer sogenannten Ausschlussdiagnostik (normale neurologische Untersuchung, unauffällige Blutbefunde und Schnittbilduntersuchungen des Gehirns sowie unauffällige Liquoruntersuchung), da es keinen speziellen Test für idiopathische Epilepsie gibt. Zusätzlich können Veränderungen in der Elektroenzephalographie (EEG) Hinweise auf idiopathische Epilepsie liefern. Aufgrund der Art der Anfälle (fokal oder generalisiert; mit oder ohne Bewusstseinsverlust) oder deren Schwere und Länge lassen sich diese Erkrankungen leider nicht unterscheiden. Bei einigen Hunderassen sind Gentests für spezielle Epilepsieformen vorhanden.

Eine gründliche Abklärung ist wichtig, um den Tierbesitzer über die Prognose aufklären zu können („wie gut sind die Chancen auf Heilung oder Symptomfreiheit?“) und eine spezifische Therapie einleiten zu können.